II Premio Europeo A-IQS sobre tecnología enzimática-1993 a los profesores Herminia Domínguez, Mª José Núñez, Juan M. Lema
Premio BURDINOLA-2002 al profesor Juan Carlos Parajó Liñares por su trayectoria investigadora en el aprovechamiento de la biomasa vegetal.
Premio OURENSANÍA-2011 en el apartado de Educación, Investigación y Universidad al profesor Juan Carlos Parajó como Investigador Principal del grupo EQ-2.
Premio Extraordinario de Doctorado a los doctores del grupo:
• José Luis Alonso González
- José Manuel Cruz Freire
- Ana Belén Moldes Menduiña
- Gil Garrote Velasco
- María Jesús González Muñoz
- Remedios Yáñez Díaz
- Carlos Vila Babarro
- Rodolfo Vegas Niño
- Beatriz Gullón Estévez
- Patricia Gullón Estévez
- Aloia Romaní Perez
- Enma Conde Piñeiro
- Martina Martínez Sabajanes
- Sandra Rivas Siota
- Susana Peleteiro Prieto
- Noelia Florez Fernández